به طرز فزاینده‌ای بد افزارهای اندروید در لباس اپلیکیشن‌های مشهور ظاهر می‌شوند، اما دسترسی روت دارند و می‌توانند به صورت عمیق در سیستم عامل مدفون شوند که در این حالت یک مشکل جدی پیش می‌آید و تنها راه ممکن، نصب یک ROM جدید یا فلش کردن گوشی توسط کمپانی سازنده است؛ یا ساده تر از آن، خرید یک گوشی دیگر! در این حالت فاکتوری ریست یا بازگشت به تنظیمات کارخانه چندان سودی ندارد و برخی از اپلیکیشن‌ها دارای مشکلاتی جدی می‌شوند؛ در حالی که برخی دیگر با دستگاه سازگار می‌شوند و به خوبی کار می‌کنند.
از آنجایی که بیشتر بدافزارهای اندروید، از فروشگاه‌های نرم‌افزاری به غیر از گوگل پلی وارد گوشی می‌شوند، اگر نرم‌افزارهای مورد نیاز خود را فقط از طریق فروشگاه نرم‌افزاری گوگل نصب کنید، تقریبا در امان خواهید بود. یک بررسی از وجود ۲۰ هزار نرم‌افزار تغییر داده شده خبر می‌دهد و بالاترین میزان آلودگی به این بد افزارها هم در کشورهای با استفاده زیاد از گوگل پلی، مانند ایالات متحده و آلمان گزارش شده است؛ در حالی که منشا اصلی این بد افزارها در مناطق دیگر و فروشگاه‌های نرم افزاری متفرقه بوده و این موضوع به یک مشکل جهانی تبدیل شده است. این سو استفاده‌ها با وجود حفره‌های امنیتی سیستم عامل، بخصوص در گوشی‌های روت شده آسان‌تر می‌شود و برای جلوگیری از این مشکل، ضمن رعایت موارد ایمنی سیستم عامل و روت نکردن گوشی، بهترین کار توجه بیشتر به فایل‌هایی است که دانلود می‌کنم.طراحی فروشگاه اینترنتی